マレーシアとの民間交流をさまざまな分野で促進し、相互理解が深まっていくための機会として、マレーシア親善使節団、マレーシア教育使節団、マレーシアにおける研修旅行プログラムの推進、マレーシア連邦政府・州政府の中間管理職を対象とした公務員研修プログラム、在日マレーシア人への各種相談活動などを行っています。
日本マレーシア協会では、1995年より、企業・団体・個人からのご協力を得て、マレーシア・ボルネオ島サラワク州において熱帯雨林再生のための植林活動を行っています。マレーシア・ボルネオ島サラワク州における熱帯雨林再生活動においては2019年にサラワク州政府と協力協定を締結し、サラワク州政府並びにサラワク森林局・サラワク森林公社等の関係機関と協力して伐採によって劣化した二次林におけるフタバガキ科等在来種の植林を主とした低地熱帯雨林の植生回復を進めています。2025年で日本マレーシア協会の熱帯雨林再生活動は30周年を迎え、植林本数は2025年時点において約95万本で100万本に迫っています。
会報「マレーシア」を昭和53年（1978年）以来発行・配布しています。この会報は国立国会図書館をはじめとして、各都道府県の図書館や国立大学等へ納めています。
マレーシアを含むアジア地域の最新動向等について、正確で時宜にかなった情報を提供するため、またマレーシアの文化・習慣への理解を深めることを目的に、マレーシア政府機関協力の下でマレーシア総合セミナーやハラルを知る勉強会、マレーシアとの教育交流に関するセミナー＆懇談会、実用マレー語講座などを行っています。
また、主に国立大学法人東京外国語大学マレーシア語専攻の教員等の協力を得ながら「マレー語スピーチコンテスト」なども実施しています。
NGO・関係機関等での活動体験及び訪問、関係者との質疑・意見交換、訪問時の研修生間の討議等を通じ、国際環境協力の必要性・意義・実利・異文化理解及び国際環境協力の実施のための基礎的手法を学ぶことにより、NGOによる国際環境協力についての理解や参加意欲を高めることを目的とした活動を行っています。